Yayasan Islam Manba’ul Ulum Kedungombo (berbadan hukum sejak tahun 2006) merupakan perkembangan dari Pondok Pesantren Manba’ul Ulum yang didirikan oleh KH. Abdul Muhith sejak 1946. Setelah beliau wafat Pondok Pesantren Manba’ul Ulum diteruskan oleh putra beliau KH. Fadhil Muhith dalam sistem wetonan dan sorogan.
Namun akhirnya karena dorongan masyarakat, Manba’ul Ulum mendirikan lembaga pendidikan dengan menggunakan sistem klasikal yakni : Madrasah Diniyyah (1987) selanjutnya dirintis Taman Pendidikan Al-Qur’an (1990). Sepeninggal KH. Fadlil Muhith (wafat tahun 2006) Pondok Pesantren Manba’ul Ulum diteruskan oleh kedua putra beliau dengan dibantu para alumni.
Alhamdulillah, Manba’ul Ulum semakin berkembang dan kini telah mengelola lembaga-lembaga pendidikan formal dan non formal yaitu :
- Madrasah Salafiyah An-Nahdliyyah,
- Tahfidz Al-Qur’an,
- Taman Pendidikan Al-Qur’an,
- Madrasah Diniyyah,
- Taman Kanak-Kanak,
- SD Islam Terpadu,
- SMP Pesantren (Boarding School),
- SMK Pesantren (Boarding School),
- MA Pesantren (Boarding School),
- Balai Latihan Kerja Komunitas (BLK Komunitas)