Yayasan Islam Manba’ul Ulum Kedungombo (berbadan hukum sejak tahun 2006) merupakan perkembangan dari Pondok Pesantren Manba’ul Ulum yang didirikan oleh KH. Abdul Muhith sejak 1946. Setelah beliau wafat Pondok Pesantren Manba’ul Ulum diteruskan oleh putra beliau KH. Fadhil Muhith dalam sistem wetonan dan sorogan.
Namun akhirnya karena dorongan masyarakat, Manba’ul Ulum mendirikan lembaga pendidikan dengan menggunakan sistem klasikal yakni : Madrasah Diniyyah (1987) selanjutnya dirintis Taman Pendidikan Al-Qur’an (1990). Sepeninggal KH. Fadlil Muhith (wafat tahun 2006) Pondok Pesantren Manba’ul Ulum diteruskan oleh kedua putra beliau dengan dibantu para alumni.
Alhamdulillah, Manba’ul Ulum semakin berkembang dan kini telah mengelola lembaga-lembaga pendidikan formal mulai dari Taman Kanak-Kanak, SD Islam Terpadu, SMP Pesantren (Boarding School), Sekolah Menengah Kejuruan (SMK), dan pada tahun pelajaran 2018/2019 mendirikan Madrasah Aliyah Pesantren (Boarding School).